تشير منظمة الصحة العالمية إلى أن التمييز السريري بين مرض فيروس ماربورج والأمراض المعدية الأخرى قد يكون صعباً. يختلط ظهور الأعراض مع أمراض مثل الملاريا وحمى التيفود وداء الشيغيلات، ما يجعل الاعتماد فقط على العلامات السريرية غير كافٍ. لذلك تؤكد الحاجة إلى اختبارات تشخيصية محددة لتأكيد وجود إصابة بماربورج. وتُظهر النتائج المختبرية الاختلافات بين الحالات وتؤدي إلى تشخيص دقيق يساعد في توجيه العلاج والسيطرة على الانتشار.
يُجرى تأكيد العدوى بماربورج عبر سلسلة من الاختبارات المعتمدة التي تقيس الاستجابات المناعية والمواد الوراثية الفيروسية. تشمل هذه الاختبارات مقايسة ELISA للكشف عن الأجسام المضادة، واختبارات الكشف عن المستضدات، ومقايسة تحييد المصل، ومقايسة RT-PCR لتحديد وجود المادة الوراثية الفيروسية، إضافة إلى عزل الفيروس عن طريق الزراعة الخلوية. وتُعتبر عينات المرضى ذات مخاطر بيولوجية عالية، لذا يجب إجراء الاختبارات على عينات غير المعطلة في ظروف احتواء بيولوجي أقصى. وينبغي تعبئة جميع العينات البيولوجية باستخدام نظام التعبئة الثلاثية عند النقل محليًا ودوليًا.