تحدد المادة 13 من القانون عقوبة الغرامة للمخالفين، وذلك مع عدم الإخلال بأي عقوبة أشد منصوص عليها في قانون العقوبات أو أي قانون آخر وبمراعاة أحكام المادة 11 من هذا القانون. وتقر الغرامة بمقدار لا يقل عن خمسين ألف جنيه ولا يزيد على خمسة ملايين جنيه عن كل من ارتكب فعلاً من الأفعال الآتية. وتؤكد النصوص أن العقوبة تكون وفقاً لنص المادة 11 من القانون وبما يحقق الردع والضمانة القانونية.
1- تقديم خدمات الأرصاد الجوية بمختلف أنواعها عن غير طريق الهيئة أو بدون الحصول على ترخيص منها؛ 2- إنشاء أو تشغيل محطات أرصاد جوية أيا كان نوعها أو مراكز تنبؤات جوية أو بحرية دون الحصول على ترخيص بذلك من الهيئة. 3- نشر أي معلومات غير صحيحة خاصة بالأرصاد الجوية أو حالة الطقس على وسائل التواصل الاجتماعى أو بأي وسيلة من وسائل النشر. وتُعتبر هذه الأفعال من المخالفات الجسيمة التي تستوجب تطبيق العقوبة المقررة.
4- إصدار أي بيانات أو معلومات أو نشرات أو دراسات خاصة بالأرصاد الجوية ونسبتها إلى الهيئة على غير الحقيقة؛ 5- شراء أجهزة أو محطات أرصاد جوية أو محطات متخصصة في قياس الإشعاع الشمسي أو الأوزون أو الجو زراعية، دون موافقة الهيئة أو بالمخالفة للمواصفات الفنية المعتمدة منها. وفى جميع الأحوال تحكم المحكمة بمصادرة الأجهزة والمعدات والأدوات المستخدمة في ارتكاب الجريمة لصالح الهيئة. ويعاقب المسئول عن الإدارة الفعلية للشخص الاعتبارى بذات العقوبات المقررة عن الأفعال التي ترتكب بالمخالفة لأحكام هذا القانون إذا ارتكبت الجريمة باسم ولحساب الشخص الاعتبارى وثبت علمه بها واتجهت إرادته لارتكابها ويكون الشخص الاعتبارى مسئولاً بالتضامن عن الوفاء بما يحكم به من عقوبات مالية.