يؤكد الخبير التربوي الدكتور تامر شوقي أن نظام البكالوريا، رغم مميزاته لصالح الطالب، يطرح تساؤلات كثيرة تحتاج إلى توضيح قبل اختيار المسار. 1) متى ستتاح المناهج الجديدة للصف الثاني بكالوريا ليتمكن الطالب وولي أمره من الاطلاع على طبيعة كل مسار قبل الاختيار؛ 2) كيف سيختار الطالب مساراً مثل إدارة الأعمال دون أن يكون قد درس أي مادة ذات صلة من قبل؟ 3) هل سيكون الاختيار في هذه المسارات اختياراً غير مدروس؟ 4) لماذا لا يتوفر إرشاد أكاديمي ودراسي لطلاب الصف الأول الثانوي قبل الالتحاق بمسارات البكالوريا لتعريفهم بصورة دقيقة بالفرص والكليات المتاحة، و5) في مسار الآداب والفنون يُشترط لإلحاق الطالب بكلية الألسن دراسة اللغة الأجنبية الثانية، فهل ستُطبق القاعدة نفسها على المسارات الأخرى؟
6) هل ستشترط كليات الذكاء الاصطناعي دراسة مادة البرمجة في الصف الثاني للقبول، بينما تشترط كليات العلوم مادة الكيمياء؟ 7) رغم إعلان الوزارة الكليات المتاحة لكل مسار بصورة عامة، فهل ستكون هناك شروط خاصة كمواد اختيارية محددة للالتحاق ببعض الكليات أو أقسامها؟ 8) ما شكل الامتحانات في نظام البكالوريا، وهل ستكون بنفس نظام الثانوية العامة الحالي بواقع 85% موضوعي و15% مقالي؟ 9) هل سيتم تغيير نظام الامتحانات في البكالوريا بالتوقيت نفسه مع الثانوية العامة أم سيكون هناك اختلاف بين النظامين قد يؤثر في تكافؤ الفرص، و10) ما الآلية التي سيتم بها حساب درجة الطالب إذا دخل أكثر من مرة لتحسين المجموع؟
11) هل سيتم احتساب أعلى درجة من بين المحاولات أم درجة آخر محاولة فقط؟ 12) إذا قام الطالب بالتحويل إلى مسار آخر بعد نجاحه في مقررات الصف الثاني في المسار الأصلي ثم أخفق في اجتياز مقررات المسار الجديد، فما موقفه؟ 13) هل يُسمح له بالعودة مرة أخرى إلى مساره الأصلي؟ 14) إذا جمع الطالب مسارين (الهندسة في الصف الثالث، والطب في المسار الجديد)، فهل يدرج في التنسيق بمجموعه في المسار الأصلي أم في المسار الجديد؟ 15) أم يعتمد مجموع الطالب في السنة الجديدة بعد نجاحه في المسار الجديد، مع الإشارة إلى أنه إذا كانت لدى وزارة التربية والتعليم أجوبة عن هذه الأسئلة، فيجب توضيحها للطلاب وأولياء الأمور قبل اختيار المسار كي لا تنتشر الشائعات.