يصدر الجهاز قرارًا مسببًا بوقف الترخيص المؤقت بناءً على المادة 92 من القانون في الحالات الثلاث التالية. 1- حصول المشروع على الترخيص المؤقت بناءً على مستندات غير صحيحة، 2- مخالفة المشروع لشروط الترخيص المؤقت أو البرنامج الزمني لتوفيق الأوضاع دون مبرر مقبول لدى الجهاز، 3- ارتكاب المشروع مخالفة تسببت في ضرر جسيم أو كان من شأنها ترتيب خطر جسيم على الأمن أو الصحة أو السلامة أو البيئة. وفي حال عدم إزالة المخالفة خلال المدة التي يحددها الجهاز، يصدر الجهاز قرارًا بإلغاء الترخيص المؤقت.
وتنص المادة 106 من القانون على أن كل من زاول نشاطًا بالمخالفة لقرار إلغاء الترخيص المؤقت وفقًا للبندين (1) و(2) من المادة 92 يعاقب بغرامة لا تقل عن خمسة آلاف جنيه ولا تتجاوز خمسين ألف جنيه. كما تُفرض عقوبة الحبس مدة لا تتجاوز ستة أشهر وبغرامة لا تقل عن خمسة آلاف جنيه ولا تجاوز خمسين ألف جنيه، أو بإحدى هاتين العقوبتين، على من زاول نشاطًا مخالفًا لقرار إلغاء الترخيص المؤقت وفق البند (3) من المادة 92. وتُطبق هذه العقوبات وفق نوع المخالفة ومدى أثرها، وتأتي في إطار حماية الأمن والصحة والسلامة والبيئة.