تتفاعل المضادات الحيوية مع المغنيسيوم في المعدة، فتكوّن مركبات تقلّل امتصاص الدواء وتخفض فعاليته في مكافحة العدوى، لذلك يجب تناول المضادات الحيوية قبل أو بعد مكملات المغنيسيوم بفاصل لا يقل عن ساعتين إلى ست ساعات لتجنُّب فشل العلاج أو ازدياد حدّة العدوى.
تحتاج أدوية البيسفوسفونات مثل أليندرونات وريزدرونات إلى عناية خاصة لأن وجود المغنيسيوم يقلل من امتصاصها في الجسم، لذا يُنصح بالانتظار 30 إلى 60 دقيقة بعد تناول أقراص هشاشة العظام قبل استعمال منتجات تحتوي على مغنيسيوم، لأن تأخير تناول أدوية هشاشة العظام بعد العلاج يقلل من فائدتها ويزيد خطر الكسور مستقبلاً.
تعمل أدوية ضغط الدم المعروفة بحاصرات قنوات الكالسيوم (أملوديبين، ديلتيازيم، فيراباميل) على إرخاء جدران الأوعية الدموية، وقد يؤدي الجمع بينها وبين المغنيسيوم إلى هبوط مفرط في الضغط يسبب دواراً وإغماءً واضطراباً في ضربات القلب، لذلك يجب على المرضى استشارة الطبيب قبل البدء بمكملات المغنيسيوم.
