أعلنت الهيئات الصحية أن نقص الكربوهيدرات يؤدي إلى انخفاض الطاقة والإرهاق، خاصة في بداية تطبيق النظام الغذائي. ويتسبب انخفاض الكربوهيدرات في شعور بالتعب والضعف على نحو ملحوظ. كما أن قلة الألياف الناتجة عن الاعتماد على الحبوب الكاملة والفواكه قد تسبب إمساكًا ومشاكل هضمية أخرى. ويمكن أن يؤدي انخفاض الكربوهيدرات إلى تغيّر مزاجي وتهيّج نتيجة تأثيره على إنتاج السيروتونين وتقلبات المزاج.
كما قد يفرض الاعتماد على البروتين والدهون كبديل للكربوهيدرات عبئًا إضافيًا على الكلى، خاصة لدى من لديهم مشاكل سابقة. كما أن بعض الأنظمة تعتمد على نسب عالية من الدهون المشبعة مما قد يزيد من احتمال ارتفاع الكوليسترول وخطر أمراض القلب. وفي النظام الكيتوني، ينتج الجسم أجسامًا كيتونية قد تسبّب رائحة فم كريهة. كما أن الالتزام بنظام غذائي منخفض الكربوهيدرات طويل الأمد يمكن أن يكون صعبًا، ما يؤدي إلى عودة فقدان الوزن واكتسابه مرة أخرى بالإضافة إلى نقص بعض العناصر الغذائية مثل فيتامينات B والمغنيسيوم وبعض مضادات الأكسدة بسبب استبعاد مجموعات كاملة من الأغذية.